Kuil ini mula didirikan pada 1890[2] oleh Beow Lean (Cina ringkas: 莲法), seorang sami berasal dari Fujian. Pembinaan kuil ini dibiayai lima peniaga terhebat Hakka sezaman itu iaitu Cheong Fatt Tze dan sepupunya Chang Yu Nan, Cheah Choon Seng, Tye Kee Yoon, dan Chung Keng Kooi.

Duta kerajaan Qing ke jajahan Pulau Pinang sangat terpegun dengan binaan yang siap ini sehingga melaporkan khabar ini kepada Maharaja Guangxu; baginda maharaja yang tertarik dengan butiran diberikan beliau menitahkan Beow berangkat ke Beijing, di sanalah Beow dikurniakan 70,000 (atau 7,000 dalam sesetengah sumber lain) jilid kitab suci serta menggelarkan kuil Kek Lok sebagai "penghulu segala kuil di Pulau Pinang".[6][7] Beow dalam perjalanan pulang diiringi para pegawai kerajaan berpakaian warna-warni dalam kereta kuda, di mana Beow sendiri duduk memegang perutusan diraja dikurniakan kepada kuilnya.[7]

Batu asas pagoda diletakkan oleh Raja Vajiravudh yang memerintah Thailand semasa ia dibina,[8] pagoda ini siap dibina pada tahun 1930.